Su nombre original fue "Parroquia de las Mesitas del Colegio de Nuestra Señora del Rosario del Calandaima", dado que las primeras casas se ubicaron cerca de un colegio capuchino de sacerdotes dirigido por fray Cristóbal de Torres, quien fundó el municipio.
La región del Tequendama, también denominada Calandaima, fue habitada por la tribu de los Panches, indígenas que se caracterizaron por su espíritu guerrero y por su corpulencia, rostro ancho de pómulos salientes, nariz alargada y aguileña, y con modificaciones craneanas. Las prácticas caníbales también hicieron parte de las costumbres de esta tribu. Su territorio estuvo limitado por el Norte con los Pantagoras y los Calimas; por el Sur, separados por la cordillera de Subía, con los Sutagaos; por el Oriente con los Muiscas y por el Occidente con los Pijaos. Esto fue determinado gracias a estudios de cronistas y antropólogos que lo han confirmado a través de los grabados con cincel en piedra, como los de la piedra del Verdún, la piedra de Magnón y otras que fueron halladas en la región.1
La región del Tequendama fue descubierta en 1537 por el Capitán Juan de San Martín, integrante de una de las expediciones de don Gonzalo Jiménez de Quesada. Aunque en 1540 los Panches atacaron por el Sur la región de la Sabana de Bogotá, intentando hacer desistir a los españoles de sus propósitos de conquista, la respuesta de aquellos fue inmediata, conformando un gran ejército y con perros de cacería al mando de Hernán Pérez de Quesada, que penetró por Tena hasta Bituima, arrasando con todos los poblados que encontró, asesinando de este modo a los caciques Tocarena y Anolaima, lo que ocasionó la desintegración de la tribu Panche.
Para la evangelización del territorio, el gobierno de España envió a órdenes como la de los dominicos, que fueron los primeros en usufructuar las tierras de El Colegio. El 11 de septiembre de 1645, Fray Cristóbal de Torres, Arzobispo delNuevo Reino de Granada, solicitó al Rey autorización para fundar un Colegio Mayor, que sería el tercero religioso, pues ya existían el Mayor de Santo Tomás y el Colegio Javeriano, los cuales al sentirse afectados, opusieron mucha resistencia, hasta que el Arzobispo ayudó al Rey Felipe IV con 40.000 ducados, obviándose así las oposiciones, y el 31 de diciembre de 1651 es firmada en Madrid la «Licencia al Arzobispo de la Iglesia de Santafé para fundar en aquella ciudad un colegio donde se extendiera la doctrina de Santo Tomas, la Jurisdicción y la Medicina». Calandaima se llamaba toda la región de la cuenca del Río Bogotá hasta Viotá. En 1649 El Colegio del Rosario era dueño de la hacienda que tenía por nombre el mismo de la región y que fue entregada en 1665 por los Dominicos.
El municipio fue fundado el 20 de septiembre de 1653 por el arzobispo de Santa fe, Fray Cristóbal de Torres, y el gobernador, el Marqués de Miranda, don Juan Fernández de Córdoba y Coalla. Por un documento que autorizaba el poblamiento, se dispuso a que los indios pudieran construir sus viviendas en dicho lugar y allí se formó el pueblo con el nombre de El Colegio. El 5 de octubre de 1653 fue aprobado el auto de poblamiento por el licenciado don Bernardino de Prado Beltrán de Guevara, Oidor más antiguo de la Real Audiencia de Santafé de Bogotá. El arzobispo hizo traer allí indios Achaguas de los llanos orientales. Pagada la media anata (impuesto), el presidente expidió el 3 de noviembre de 1653 el título que legalizaba el poblamiento de la "Parroquia de las Mesitas del Colegio de Nuestra Señora del Rosario del Calandaima", localizado en las riberas del Río Bogotá.
